中醫(yī)助理醫(yī)師證書注冊主管部門是衛(wèi)生部負責全國醫(yī)師執(zhí)業(yè)注冊監(jiān)督管理工作。縣級以上地方衛(wèi)生、中醫(yī)藥行政管理部門是中醫(yī)醫(yī)師執(zhí)業(yè)注冊的主管部門，負責本行政區(qū)域內的醫(yī)師執(zhí)業(yè)注冊監(jiān)督管理工作。